周永锋课题组

探秘繁殖密码：铺就葡萄育种“黄金路线” 葡萄如何一跃进入4.0育种时代——《中国科学报》 2025年年中合影 Zhou LAB 2024-2025 年终总结汇报会施肥，打药，剪梢，套袋，硕果累累。

最新公告

3-2

2026

[公告栏] 2026年组会安排

2-21

2024

[公告栏] 学习笔记功能介绍（2024）

x-x

2023

[公告栏] 欢迎加入我们的大家庭！

1-24

2026

[学术汇报] “画龙点睛”国家自然科学基金项目申请点评会

1-23

2026

[学术汇报] 谷子起源的研究（刁现民）

1-23

2026

[学术汇报] 陆地棉T2T基因组揭示短季适应机制及中棉113早熟生物育种体系构建（马雄风）

基本信息

Basic inforamtion

团队首席科学家周永锋研究员，博士生导师，二级研究员，国家海外优青获得者，海南自贸港C类人才，任中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所所长（公示期）。

通讯地址:

中国热带农业科学院

中国热带农业科学院：
        海南省三亚市崖州湾科技城
中国农业科学院深圳基因组所：
        广东深圳市大鹏新区/龙岗区
        ①布新路97号（过渡所区·新所）
        ②鹏飞路7号（旧所）

地图API/详细介绍→

联系方式:

邮箱: zhouyongfeng@caas.cn

Twitter: https://twitter.com/yongfeng_zhou?lang=zh-Hant

Git-Hub: https://github.com/zhouyflab

团队依托中国热带农业科学院品质资源所和中国农业科学院基因组所，围绕作物群体遗传学与葡萄智能设计育种，结合多组学与气候环境等大数据，应用人工智能算法，检测关键农艺性状相关的遗传变异，解析性状形成的分子机理和调控网络，最终借助基因编辑技术实现快速分子育种。

研究方向一（作物群体遗传学）
（1）中性种群动态历史
（2）人工选择和自然选择
（3）适应性与有害性基因交流
（4）有害变异与结构变异
（5）气候变化响应
（6）转座子群体遗传学
（7）繁育体系的群体遗传学

研究方向二（葡萄智能设计育种）
（1）种质资源收集，评价和保护
（2）人工智能算法辅助育种
（3）基因组图谱的鉴定和注释
（4）全基因组设计育种平台建设
（5）优异葡萄品种的设计选育！

其他链接

winberige 葡萄生物信息学网站

椰子/油棕/油茶生物信息学网站(待)

科研进展

Research Progress

5-12

2026

Plant Physiology

刘镇亚/周永锋

机器学习能够精准地发现植物中的抗病基因

植物抗病基因的鉴定对于理解植物免疫系统和加速抗病作物育种至关重要。目前亟需一种能够在全基因组范围内准确鉴定植物抗病基因的方法。在本研究中，我们提出了ESM-LRR（基于进化规模建模的LRR识别工具），这是一种深度蛋白质语言模型，旨在准确预测抗病蛋白中高度可变的LRR结构域。以90%的同一性作为匹配阈值时，ESM-LRR在测试集上取得了0.80的最佳F1分数。基于ESM-LRR，我们开发了R-Predictor——一个植物抗病基因预测器，能够同时注释15种不同的结构域拓扑结构，涵盖全基因组范围内已表征的抗病基因。R-Predictor整合了四个模块，每个模块均采用优于现有方法的技术（对RLK的F1分数达到0.89，对NLR的F1分数达到0.88），证明了其在注释植物抗病基因方面的高准确性和实用性。R-Predictor与基因表达谱联合，成功鉴定了与葡萄灰霉病和霜霉病相关的候选R基因，其表现优于现有方法，并检测到了数十个候选R基因。总体而言，本研究提出了一种新方法，有助于推进对植物免疫的理解并促进作物育种。

4-15

2026

Advanced Science

彭艳玲/周永锋

基于单倍型解析的三维基因组图谱及其对葡萄作物性状的影响

在无性繁殖作物中，单倍型之间的广泛差异使得转录调控变得复杂。然而，三维基因组组织对这些等位基因差异和农艺性状的贡献仍不清楚。在此，我们针对具有对比鲜明的浆果颜色和种子性状的葡萄品种，生成了单倍型分辨的三维基因组图谱，并将其与基因组、表观基因组和转录组数据相结合。我们发现，单倍型之间存在深刻的三维结构分歧，范围从大规模的A/B区室到拓扑关联结构域边界变异（18.53% ∼ 23.01%），这些差异已接近品种间的差异水平（18.74~21.62%）（p > 0.05）。驱动这些效应的一个关键机制涉及不同TAD状态（活性、非活性、异染色质）之间大规模的单倍型特异性转换，这种转换不对称地调节转录并改变局部DNA甲基化模式。重要的是，这些结构重排（包括TAD边界转移）与潜在的结构变异密切相关。关键的是，这一调控级联影响了关键的农艺位点：控制浆果颜色（如VvMYBA）和无籽性状（如VvSUS2）的基因被定位在品种特异性的TAD边界上，表现出存在/缺失变异和差异表达模式。我们的研究结果支持一个机制模型，其中分相的三维染色质结构和杂合的结构变异与关键农艺性状的调控密切相关，为加速无性繁殖作物的遗传改良铺平了道路。

2-26

2026

Nature Communications

马志尧/周永锋

群体基因组学揭示了野生山葡萄中转座元件变异与气候适应之间的关联

该研究以野生山葡萄为对象，构建图泛基因组并系统解析转座子在局地适应与未来气候响应中的潜在作用，为气候韧性育种提供了重要启示。

主要发表文章 [查看更多]

2026

5-12

机器学习能够精准地发现植物中的抗病基因

Plant Physiology 刘镇亚/周永锋

2026